Con San Nazaro, San Dionigi e San Simpliciano, Sant'Ambrogio è una delle basiliche milanesi che, secondo il progetto di Ambrogio, presidiavano" l'immediato suburbio di Milano. La basilica, denominata 'basilica Martyrum', fu fondata attorno al 379 nel cimitero 'ad martyres', allo scopo di accogliere le spoglie di Ambrogio stesso.
Fra X e XI secolo, con l'introduzione della regola di vita comune per il clero secolare, il gruppo di chierici stabilito presso la basilica di Sant'Ambrogio si trasformò in collegio canonicale con funzioni di amministrazione del patrimonio dell'annesso monastero e di gestione dell'attività pastorale. Attorno al XII secolo scoppiò tra monaci e canonici un'aspra contesa sulla gestione delle offerte alla basilica., aggravati dalla posizione delle due istituzioni nella complessa politica comunale. Le questioni si protrassero violente per il tutto il secolo successivo. Nel 1787, venne istituta la parrocchia di Sant'Ambrogio ; nel 1798 fu decretata la soppressione
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