L'AS Padova, istituito con d.m. 19 genn. 1948, ha ereditato il materiale documentario del locale museo civico. Materiale notevole se si considera che comprendeva non solo l'archivio storico del comune, ma anche gli atti delle magistrature governative che ressero Padova, sia nei quattro secoli (1405-1797) della sua soggezione alla repubblica di Venezia, sia nel periodo ottocentesco. Ne facevano inoltre parte l'ingente documentazione relativa agli archivi giudiziari ed agli estimi antichi, ceduti nel 1851 al comune rispettivamente dal tribunale e dalla delegazione, nonché i preziosi archivi di tutte le corporazioni religiose e laiche soppresse dal governo napoleonico e consegnati nel 1848 dalla locale intendenza di finanza. Notevole era infine la quantità di materiale documentario donato o dato in deposito al museo da parte di enti privati o di illustri famiglie padovane. Il riordinamento dei fondi, incominciato alla fine del secolo scorso e protrattosi per mezzo secolo, è stato il frutto della collaborazione di più persone: Andrea Moschetti, direttore del museo; Vittorio Lazzarini, vice direttore; Erice Rigoni, assistente. " Tanto era il disordine in cui quel materiale giaceva " che l'unico metodo di ordinamento allora possibile sembrò al Moschetti quello per materia. L'inventariazione avvenne pertanto sulla base non delle magistrature di provenienza ma della uniformità di contenuto della documentazione. I fondi come oggi costituiti - salvo pochi casi, come ad esempio l'ufficio di sanità e gli archivi giudiziari civili - non rappresentano dunque l'attività di una sola magistratura ma molto spesso di più magistrature tra loro collegate dalla identità della materia oggetto della loro competenza (es. Gravezze, Acque, Canapi e altri). Anche fondi apparentemente omogenei e completi, riconducibili sicuramente a magistrature periferiche del potere centrale, come quello dei Rettori, non contengono che una parte di tutta la documentazione prodotta da quella magistratura, trovandosi la restante sparsa in numerosi altri nuclei archivistici, quali ad esempio Ducali, Lettere avogaresche, Clero secolare e altre.
Altri infine, in particolare quelli relativi a materia fiscale e giudiziaria, comprendono documentazione prodotta da magistrature sia comunali che statali, a causa dei riordinamenti di cui si è detto.
Di tale situazione, divenuta oramai irreversibile, la Guida ha dovuto prender atto limitandosi solamente a qualche modifica segnalata di volta in volta nel corso della voce. Diversa è invece la condizione dei fondi pervenuti all'Archivio dopo il 1948 (Prefettura, Questura, comitato di liberazione nazionale e altri): si tratta infatti di fondi organici che rispecchiano, sia pure con qualche lacuna, l'attività degli uffici che li hanno prodotti. Vi è infine un complesso di documenti relativi a magistrature giudiziarie del sec. XIX, di cui non è possibile indicare la quantità, a causa dello stato di completo disordine in cui si trova, presso un deposito sussidiario.
