La Fondazione è attiva dal 1998 in continuità con le attività dello storico Movimento di Gallarate, sorto alla fine del 1945 per iniziativa di alcuni docenti universitari di ispirazione cattolica per tenere viva la riflessione filosofica sul nostro tempo.
I "Convegni di studi filosofici cristiani" annuali si consolidarono e si ampliarono presto anche a professori di altro orientamento filosofico non solo italiani. Il Movimento di Gallarate ha assunto veste giuridica come "Centro di studi filosofici tra professori universitari" con sede in Gallarate nel 1954, mentre nello statuto del 1991 si parla di "Centro di studi filosofici di Gallarate". Nel 1998 il Centro ha cambiato ragione sociale e si è organizzato come Fondazione "Centro studi filosofici di Gallarate", mantenendo il massimo di continuità con l'Associazione precedente.
La figura fondamentale della vicenda del Movimento è quella del gesuita padre Carlo Giacon, professore di storia della filosofia dell'Università di Padova, le cui carte sono conservate come subfondo dell'archivio del Centro. Gallarate ospitò i primi convegni nella sede della Facoltà filosofica Pontificia per la formazione dei gesuiti mentre a Padova si iniziò nel 1955 la serie annuale dei convegni di formazione alla ricerca, prima destinati agli assistenti universitari, e in seguito ai ricercatori.
Oltre ai convegni annuali di Gallarate e di Padova che sfociavano nella pubblicazione di due serie di Atti, il padre Giacon si impegnò in molteplici iniziative editoriali: in collaborazione con l'Istituto di studi filosofici di Roma, diretto da Enrico Castelli, si completarono quattro volumi di Bibliografia Filosofica Italiana 1900-1950 (Delfino, Roma 1950-1956), e dal 1949 il Centro di Gallarate continuò in proprio a pubblicare ogni anno, presso diversi editori, un volume di Bibliografia Filosofica Italiana (fino al 2001). Insieme con l'Istituto per la collaborazione culturale, si affrontò la preparazione dell'Enciclopedia Filosofica, pubblicata presso Sansoni, Firenze, nel 1957 in 4 volumi in folio, la prima al mondo in assoluto per la sua completezza. Uscita l'Enciclopedia, si progettarono e si avviarono diverse Collane (Classici della filosofia cristiana, Filosofi antichi, Filosofi moderni, Filosofi contemporanei, Opere di Romano Guardini), traducendo opere filosofiche importanti non disponibili in italiano. In previsione di una ormai necessaria terza edizione dell'Enciclopedia filosofica si pubblicò un Dizionario dei filosofi del Novecento (Olschki, Firenze 1985), opera alla quale il P. Giacon dedicò le sue ultime fatiche senza vederlo compiuto.
