L'Archivio nasce nel 1638, anno in cui l'Abate Commendatario di Subiaco aggiunge al beneficio della Commenda anche il governo spirituale del territorio, fino ad allora esercitato dai vescovi di Tivoli, Palestrina ed Anagni. Nel complesso archivistico si conservano, pertanto, gli atti prodotti dalla Curia e dagli altri uffici ed enti ecclesiastici del territorio, cui si aggiungono i documenti di personaggi che hanno ricoperto un ruolo in seno all'Abbazia. La vasta e preziosa documentazione concerne, fino al 1870, tutti gli aspetti della storia delle 17 comunità che hanno costituito la Diocesi sublacense: l'amministrazione della giustizia civile e criminale, i governi locali, la demografia (stati delle anime, matrimoni, genealogie delle famiglie), il paesaggio agrario ed urbano, l'edilizia ecclesiastica e laica, il patrimonio storico-artistico, ecc. L'archivio conserva anche tutta la documentazione legata al governo "in spiritualibus" degli abati commendatari dal 1638 al 1915 e degli abati ordinari fino al presente: le sacre visite e tutti gli atti prodotti nell'esercizio del governo spirituale e materiale del clero (parrocchie, chiese, ordinazioni, prebende, predicatori e missionari, seminario, ecc.) e dei luoghi pii (confraternite, ospedali, monti frumentari). Nel corso del tempo, per varie vicissitudini, nell'archivio sono confluiti anche altri fondi documentari. Tra questi spiccano per importanza: il fondo "Mensa abbaziale", il fondo "Ufficio Amministrativo Terreni", l'archivio del commendatario Spinola iuniore, l'archivio del commendatario Girolamo D'Andrea, il fondo "Archivio degli abati dal 1915", l'archivio del Seminario, l'archivio del Collegio (o Convitto) San Benedetto, l'archivio dell'Ente Seminario, l'archivio del monastero di S. Giovanni Battista, l'archivio capitolare e parrocchiale di S. Andrea di Subiaco; l'archivio del Laboratorio scuola "San Benedetto", nonché porzioni di archivi provenienti da parrocchie, confraternite e luoghi pii dell'Abbazia.
Agli inizi del XX secolo l'archivio ha subito varie peripezie: la parte più antica, di non interesse pratico per la cancelleria ecclesiastica, fu collocata nella Rocca abbaziale di Subiaco. Il resto venne sistemato nei locali del Convitto adiacente alla chiesa di S. Andrea, dove andò a costituire l'archivio corrente della curia abbaziale. A seguito dei bombardamenti del maggio-giugno 1944, la Rocca ospitò la popolazione sfollata dalle abitazioni distrutte; così il primo e più antico troncone fu trasportato nel monastero di S. Scolastica. In seguito alla riduzione del territorio dell'Abbazia Territoriale, avvenuta nel 2002, dal secondo troncone conservato nel Convitto è stata estrapolata la documentazione più recente, spettante all'archivio corrente delle Diocesi di Tivoli, Anagni e Palestrina, mentre il restante materiale documentario è stato trasferito nel monastero di S. Scolastica. Qui è stato ricongiunto con il primo troncone così da ricostituire integralmente l'archivio storico dell'Abbazia sublacense. Dal 2003 è in corso il riordinamento, la schedatura e l'inventariazione dell'intero patrimonio documentario, costituito da più di 9.000 unità, tra faldoni, registri, volumi e fascicoli. Oltre a pochi atti relativi ai secoli XIV (in copia)-XVI, il materiale archivistico di maggiore consistenza è databile tra il XVII e il primo decennio del XXI secolo.
