L'Accademia, con a capo Enea Silvio Piccolomini, nacque ufficialmente nel 1525 (di fatto era già attiva da anni), nel senso che in tale anno assunse la denominazione di 'Accademia degli Intronati' formulando contestualmente una serie di regole. Il nome 'Intronati' voleva significare che gli accademici intendevano estraniarsi dai rumori del mondo dai quali si sentivano infastiditi o, appunto, 'intronati', per dedicarsi allo studio delle discipline umanistiche in tutte le loro forme.
Dopo un primo di periodo di grande impegno, interruppe la sua attività durante gli ultimi anni della repubblica senese. Riprese ad incontrarsi nel 1559, ma fu nuovamente costretta al silenzio soltanto qualche anno dopo da un decreto di interdizione formulato da Cosimo I de' Medici che colpì anche altri sodalizi della città toscana.
Ripresa la sua attività nel 1603, venne riunita nel 1654 su iniziativa del governatore della città, il Principe Mattias, all'Accademia dei Filomati, i quali, proprietari di un Teatro costruito in una sala del Consiglio del Palazzo Civico, furono costretti in quell'occasione a cederlo agli Intronati. Il teatro, in parte modificato, riaprì le sue porte nel 1670.
Nel 1729 l'Accademia si trasferì in un salone attiguo alla Sapienza, oggi sala di lettura della Biblioteca Comunale degli Intronati.
Un terremoto danneggiò nel 1798 gravemente il teatro e gli Intronati rivolsero delle richieste di finanziamento per il restauro al Granduca Ferdinando III il quale, non...
